공급자가 세금계산서를 안 끊어주면 매입자가 발행합니다

한국에서 거래처가 대금을 받고도 세금계산서를 발급하지 않으면, 매입자가 직접 발행하고 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 이 글은 한국에서 회사를 운영하는 외국인 창업자·경영자와 회계 담당자를 위한 안내입니다. 규칙은 이렇습니다. 과세기간 종료일부터 1년 안에 별지 제14호의2서식으로 관할 세무서에 신청합니다. 대상은 부가세를 포함해 건당 5만원 이상인 거래입니다.

매입자발행세금계산서는 이렇게 작동합니다

거래처와 연락이 끊겼거나, 거래처가 폐업했거나, 계약이 해제됐는데 수정세금계산서를 보내지 않는 경우가 있습니다. 이때 매입자는 매입세액(구입할 때 낸 부가세)을 포기하지 않아도 됩니다. 부가가치세법 제34조의2가 매입자 쪽에서 세금계산서를 발행하는 길을 열어 두었습니다.

매입자가 자기 관할 세무서에 거래사실 확인을 신청하고, 공급자 관할 세무서가 거래를 확인해 주면, 매입자가 그 거래일자로 세금계산서를 발행합니다. 이 세금계산서에 적힌 부가세액은 공제받을 수 있는 매입세액으로 봅니다(법 제34조의2 제2항).

신청할 수 있는 경우와 세무서가 거부하는 경우

다음 경우에 신청할 수 있습니다.

• 공급자가 세금계산서 발급의무가 있는 사업자일 것(부가가치세법 시행령 제71조의2 제1항)
• 공급자가 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 않았을 것(법 제34조의2 제1항)
• 공급자의 부도·폐업, 또는 공급 계약의 해제·변경 뒤에 공급자가 수정세금계산서를 발급하지 않은 경우
• 공급자가 소재불명 또는 연락두절 상태인 경우(시행령 제71조의2 제2항 제1호, 2024년 신설)
• 휴업 등 부득이한 사유로 세금계산서를 받기 곤란하다고 국세청장이 인정하는 경우(같은 항 제2호)
• 거래건당 공급대가가 5만원 이상일 것(시행령 제71조의2 제4항)

세무서는 다음 경우에 확인을 거부합니다(시행령 제71조의2 제6항).

• 신청기간(과세기간 종료일부터 1년)을 넘긴 것이 명백한 경우
• 거래 당시 상대방이 미등록사업자였던 것이 신청서상 명백한 경우
• 거래 당시 상대방이 휴업자 또는 폐업자였던 것이 명백한 경우
• 세무서의 보정요구에 정한 기간 안에 응하지 않은 경우

공급대가는 부가세를 포함한 금액입니다. 금액 기준은 과거 10만원이었다가 지금은 5만원입니다. 예전 자료를 보고 5만원대 거래를 포기하지 않도록 확인합니다.

기한은 공급시기가 속한 과세기간 종료일부터 1년

신청기한은 거래일이 아니라 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 1년입니다(시행령 제71조의2 제3항). 법인 일반과세자 기준으로 정리하면 다음과 같습니다.

가장 급한 것은 2025년 7월~12월 거래입니다. 2026년 12월 31일이 지나면 신청기간 경과로 확인이 거부됩니다. 연말 결산 전에 미수취 세금계산서 목록을 한 번 훑어보세요. 기한을 6개월로 적은 글이 아직 남아 있지만, 현행 시행령은 1년입니다.

서식·증빙과 처리 기간

부가가치세법 시행규칙 제52조의2가 서식 3종을 정합니다.

신청서에는 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 붙입니다(시행령 제71조의2 제3항). 거래 존재와 내용에 대한 입증책임은 신청인, 즉 매입자에게 있습니다(같은 조 제8항). 실무에서 준비하는 서류는 이렇습니다.

• 계약서 또는 발주서
• 대금 송금 내역(계좌이체 확인증)
• 견적서·거래명세서
• 납품·검수 확인 자료
• 공급자와 주고받은 이메일·메신저 기록

현금 지급이나 구두 계약만 있는 거래는 입증이 어렵습니다. 대금을 계좌로 보냈다면 그 기록이 가장 강한 증빙입니다.

세무서는 다음 순서로 처리합니다(시행령 제71조의2 제5항·제7항·제9항·제10항).

확인기간을 연장하는 불가피한 사유는 시행규칙 제52조의2 제2항이 두 가지로 정합니다.

• 공급자의 부도·질병·장기출장 등으로 확인이 곤란해 공급자가 연기를 요청한 경우
• 세무공무원이 2회 이상 방문했으나 폐문·부재로 공급자를 만나지 못한 경우

예를 들어 10월 중에 신청하면 원칙적으로 11월 30일까지 확인 결과가 나옵니다. 연장되면 최대 20일이 더해집니다.

확인 통지를 받은 뒤, 발행, 교부, 공제

확인 통지서에는 공급자와 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액, 부가세액이 담깁니다(시행령 제71조의2 제9항 제1호). 그다음 순서는 이렇습니다.

1. 공급자 관할 세무서가 확인한 거래일자를 작성일자로 매입자발행세금계산서(별지 제14호의3)를 발행합니다(제11항).
2. 공급자에게 교부합니다. 다만 신청인과 공급자가 모두 확인 통지를 받았다면 교부한 것으로 봅니다(제12항).
3. 매입자발행세금계산서합계표(별지 제14호의4)를 붙여 신고합니다(제13항).

공제는 신고서를 내는 과세기간이 아니라 해당 재화·용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 매입세액으로 들어갑니다(제13항). 그래서 신고 방법은 시점에 따라 갈립니다.

• 그 과세기간의 신고기한이 아직 남아 있으면 예정신고 또는 확정신고 때 합계표를 냅니다.
• 그 과세기간 신고가 이미 끝났다면 국세기본법 제45조의2 제1항에 따른 경정청구로 공제를 받습니다.

확인까지 시간이 걸리므로 경정청구로 끝나는 경우가 많습니다. 매입세액 불공제 8가지도 함께 보세요.

공급자 쪽에 붙는 가산세

매입자가 직접 발행해도 공급자의 책임은 남습니다. 부가가치세법 제60조 제2항은 공급자에게 다음 가산세를 매깁니다.

• 발급시기가 지난 뒤 확정신고기한까지 발급한 경우: 공급가액의 1%(제1호)
• 확정신고기한까지 발급하지 않은 경우: 공급가액의 2%(제2호)
• 전자세금계산서 발급명세를 기한 뒤 확정신고기한까지 전송한 경우: 0.3%(제3호)
• 확정신고기한까지 전송하지 않은 경우: 0.5%(제4호)

실제 거래 없이 세금계산서를 주고받으면 공급가액의 4% 가산세가 붙습니다(제60조 제3항 제1호·제2호, 2025년 12월 개정). 매입자발행세금계산서가 실제 거래를 입증하는 서류를 요구하는 이유입니다.

체크리스트

• 공급시기가 속한 과세기간 종료일부터 1년이 지나지 않았는가
• 거래건당 공급대가(부가세 포함)가 5만원 이상인가
• 거래 당시 상대방이 사업자등록을 한 사업자였고, 휴업·폐업 상태가 아니었는가
• 대금을 계좌로 지급한 기록이 있는가
• 계약서·발주서·거래명세서 중 하나 이상이 있는가
• 공급자에게 발급을 요청한 기록(이메일·문자)이 남아 있는가
• 그 과세기간의 부가세 신고가 이미 끝났는가(경정청구 대상 여부)