R&D 세액공제 사전심사, 홈택스에서 법인세 신고 전에 신청합니다
R&D 세액공제 사전심사는 신고 전에 국세청이 공제 대상 여부를 미리 봐 주는 제도입니다. 연중 신청하고, 과제·비용 일부만 넣을 수 있습니다.
한눈에 보기
- 근거
- 조세특례제한법 시행령 제9조 제17항
- 신청 경로
- 홈택스, 우편, 방문
- 신청 시점
- 연중 언제나, 신고 전
- 신청 범위
- 과제 일부, 비용 일부, 지출 예정 비용, 적정성만
- 효과
- 사후관리 제외, 과소신고가산세 면제
- 신고기한 후
- 경정청구·기한후신고 전까지 신청
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연구·인력개발비 세액공제(R&D 세액공제)를 받으려는 회사는 신고 전에 국세청에 공제 대상인지를 미리 봐 달라고 요청할 수 있습니다. 홈택스로 신고 전에 신청하고, 확인받고 싶은 과제나 비용만 골라 넣을 수 있습니다. 이 글은 외국인투자기업을 포함한 R&D 회사의 창업자와 재무 담당자를 위한 안내입니다.
사전심사는 어떤 제도이고 왜 신청하나
근거는 조세특례제한법 시행령 제9조 제17항입니다. 세액공제를 받으려는 내국인은 지출한 비용이 연구·인력개발비에 해당하는지를 국세청장에게 미리 심사해 달라고 요청할 수 있습니다. 요청은 과세표준신고(같은 조 제14항의 신고)를 하기 전에 합니다. 심사 방법과 요청 절차는 국세청장이 정합니다.
국세청은 이 제도를 2020년부터 운영하고 있습니다. 의무가 아닙니다. 사전심사를 거치지 않아도 회사 판단으로 공제를 적용해 신고할 수 있습니다.
그런데도 신청하는 이유는 하나입니다. 연구개발활동이 맞는지, 어느 비용까지 공제 대상인지를 두고 납세자와 과세관청의 판단이 자주 갈립니다. 나중에 세무조사에서 잘못 신고한 것으로 확인되면 공제받은 세액에 가산세까지 추징될 수 있습니다.
국세청 안내 리플릿(2026. 2.)이 밝힌 혜택은 다음과 같습니다.
- 심사받은 내용은 사후관리 대상에서 제외됩니다.
- 심사 결과대로 신고하면 과소신고가산세가 면제됩니다.
- 심사 결과와 함께 세액공제 컨설팅을 받습니다.
- 지정한 세무대리인에게도 결과가 통지됩니다.
단, 부정확한 서류를 냈거나 사실관계가 바뀌었거나 누락·탈루 혐의가 있으면 혜택에서 제외됩니다.
신청 경로는 세 가지
홈택스는 국세청의 신고·신청 누리집입니다.
| 경로 | 접수처 | 비고 |
|---|---|---|
| 홈택스 | 로그인 → 증명·등록·신청 → 소득·법인세 관련 신청·신고 → 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 신청 | 진행상황 확인·세무대리인 지정 가능 |
| 우편 | 본점 소재지 관할 지방국세청 법인세과 | 서면 접수 |
| 방문 | 관할 지방국세청 법인세과 또는 세무서 민원봉사실 | 서면 접수 |
신청 자격에는 제한이 없습니다. R&D 세액공제를 받으려는 내국법인과 거주자라면 누구든 신청할 수 있습니다. 결과는 서면으로 오고, 이견이 있으면 1회에 한해 재심사를 신청할 수 있습니다. 문의는 국세상담센터(국번 없이 126)로 합니다.
신청 범위는 쪼갤 수 있습니다
사전심사를 부담스러워하는 회사는 대개 "모든 과제, 모든 비용을 다 내야 한다"고 생각합니다. 국세청 Q&A는 그렇지 않다고 답합니다.
- 이미 지출한 비용만이 아니라 지출 예정 비용도 신청할 수 있습니다.
- 전체 비용 중 일부 항목만 골라 신청할 수 있습니다.
- 비용이 확정되지 않았으면 연구개발 적정 여부 심사만 신청할 수 있습니다.
- 여러 연구과제 중 확인받고 싶은 일부 과제만 골라 신청할 수 있습니다.
실무에서는 다툼 가능성이 큰 쪽부터 고릅니다.
- 정부과제와 자체과제가 섞여 있는 과제
- 연구원이 연구 외 업무를 겸하는 것으로 보일 수 있는 과제
- 위탁연구비가 큰 과제
- 신성장·원천기술이나 국가전략기술로 높은 공제율을 적용하려는 과제
정부과제는 특히 구분이 필요합니다. 국세청 리플릿 사례에 따르면 국가 등에서 받은 연구개발출연금으로 지출한 비용은 공제 대상에서 빠집니다. 반면 회사가 부담한 민간부담금(현금과 현물)은 공제가 가능합니다. 출연금과 민간부담금을 계정에서 나눠 두지 않으면 이 구분을 증명하기 어렵습니다.
언제 신청하나
시행령 문언은 "신고를 하기 전"입니다. 국세청은 신고기한에만 받지 않고 연중 언제라도 신청을 받습니다.
| 시점 | 할 수 있는 것 |
|---|---|
| 사업연도 중 | 진행 중인 과제의 적정성, 지출 예정 비용 심사 신청 |
| 사업연도 종료 후 ~ 법인세 신고 전 | 확정된 지출액으로 신청, 결과를 반영해 신고 |
| 신고기한 후 | 신고 누락분에 대해 경정청구·기한후신고 이전까지 신청 |
12월 결산법인의 법인세 신고기한은 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월, 곧 3월 31일입니다(법인세법 제60조 제1항). 결과를 받아 신고에 반영하려면 결산을 기다리지 말고 사업연도 중에 적정성 심사부터 넣는 편이 낫습니다. 처리 기간은 접수 단계에서 확인합니다. 월별 준비 일정은 법인세 신고 준비는 11월에 시작합니다를 참고하십시오.
신고기한을 넘겼다면 순서가 중요합니다. 누락분을 경정청구하기 전에 사전심사를 먼저 신청해야 합니다. 경정청구를 먼저 내면 이 창구는 닫힙니다.
중소기업이라면 함께 볼 제도
국세청은 2022년 8월부터 법인세 공제·감면 컨설팅도 운영합니다. 중소기업 법인이 통합고용세액공제·통합투자세액공제처럼 고용·투자에 따른 공제·감면 가능 여부와 금액을 물으면 신청일부터 2개월 안에 서면으로 답합니다. 컨설팅대로 신고하면 사후관리 제외와 과소신고가산세 면제 혜택이 같습니다. R&D는 사전심사, 고용·투자는 컨설팅으로 나눠 신청합니다.
준비 서류 체크리스트
법인세 신고 때 내는 서류(시행령 제9조 제14항: 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서, 증거서류)와 같은 골격으로 준비하면 신고까지 그대로 이어집니다.
- 사전심사 신청서(홈택스 신청 화면에서 작성)
- 연구개발비 명세서
- 연구개발계획서와 연구개발보고서
- 연구소·전담부서 인정서
- 전담연구원 명단과 발령 문서
- 과제별 인건비·재료비·위탁비 집계표
- 정부과제 협약서와 출연금·민간부담금 구분 자료
연구개발계획서·보고서·연구노트의 작성·보관 의무는 시행령 제9조 제13항이 재정경제부령에 위임하고 있습니다. 평소 기록이 곧 사전심사 서류가 됩니다. 연구소·전담부서 신고는 기업부설연구소·전담부서 신고 안내를 참고하십시오.
자주 보게 될 한국어 용어
| 용어 | 로마자 표기 | 뜻 |
|---|---|---|
| 연구·인력개발비 세액공제 | yeongu illyeok gaebalbi seaek gongje | 연구개발과 인력개발에 쓴 비용 일부를 세금에서 빼 주는 제도. |
| 사전심사 | sajeon simsa | 신고 전에 국세청이 공제 대상인지 미리 봐 주는 절차. |
| 국세청 | guksecheong | 국세를 걷고 관리하는 중앙 행정기관. |
| 홈택스 | homtaekseu | 국세청의 신고·신청 누리집. |
| 사후관리 | sahu gwalli | 이미 받은 공제가 맞는지 신고 뒤에 다시 살피는 일. 사전심사를 받은 내용은 빠집니다. |
| 과소신고가산세 | gwaso singo gasanse | 세금을 적게 신고했을 때 더 붙는 세금. |
| 경정청구 | gyeongjeong cheonggu | 이미 낸 신고를 바로잡아 달라고 요청하는 절차. |
| 기한후신고 | gihanhu singo | 신고기한이 지난 뒤에 하는 신고. |
| 연구개발출연금 | yeongu gaebal churyeongeum | 국가 등에서 받은 연구개발 지원금. 이 돈으로 쓴 비용은 공제 대상이 아닙니다. |
| 민간부담금 | mingan budamgeum | 정부과제에서 회사가 직접 부담한 몫. 현금과 현물이 있습니다. |
근거
- 조세특례제한법 시행령 제9조 제13항·제14항·제17항 (2026년 9월 18일 시행본)
- 법인세법 제60조 제1항
- 국세청 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 안내 리플릿(2026. 2.)
- 국세청 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 Q&A
이 가이드는 2026년 10월 19일 기준 일반적인 규정을 설명합니다. 법률·세무 자문이 아닙니다. 법령과 서식은 바뀔 수 있으니 실행 전에 공식 누리집을 확인하거나 전문가와 상의하십시오.